Organami Partnerstwa są Walne Zgromadzenie oraz Rada Programowa.

Za organizację spotkań Partnerstwa, w tym m.in. Walnego Zgromadzenia oraz posiedzeń Rady Programowej odpowiada Sekretariat Partnerstwa.

Każdy Partner może zaproponować dodatkowe spotkania oraz zainicjować powstanie grupy tematycznej.

Korzyści z uczestnictwa w Małopolskim Partnerstwie na rzecz Integracji i Wielokulturowości:

1. Więzi instytucjonalne – możliwość nawiązania partnerskich relacji z podmiotami z  obszarów działalności: instytucji publicznych, podmiotów komercyjnych, organizacji pozarządowych.
2. Pole dyskusji – możliwość szybkiej konsultacji pomysłów z ekspertami, także w  formule forum czy warsztatów.
3. Szybki dostęp do różnorodnej wiedzy – dzięki sieci kontaktów możliwość skorzystania ze specjalistycznej wiedzy różnych podmiotów.
4. Poczucie sprawczości – bycie częścią Partnerstwa, które ma realny wpływ na modelowanie rozwiązań na rzecz wsparcia i integracji cudzoziemców w Małopolsce.
5. Funkcja reprezentacyjna na forum zewnętrznym – możliwość reprezentowania Partnerstwa ma zewnętrznych gremiach, konferencjach.
6. Wzrost potencjału do realizacji projektów – bycie członkiem Partnerstwa buduje potencjał danego podmiotu do realizacji projektów na rzecz wsparcia i integracji cudzoziemców z Małopolanami.
7. Dostęp do potencjału Partnerów – możliwość realizacji wspólnych projektów w  ramach mniejszych grup Partnerów.
8. Realizacja wspólnych badań i analiz – partnerzy realizują wspólne badania, analizy dotyczące aktualnych potrzeb cudzoziemców mieszkających w województwie małopolskim.
9. Dostęp do biblioteki narzędzi – partnerzy dzielą się zasobami: narzędziami, materiałami wspierającymi realizację inicjatyw na rzecz wsparcia i integracji cudzoziemców.
10. Możliwość promocji podmiotu – członkowie mają możliwość prezentacji profilu swojej działalności podczas spotkań partnerskich oraz w newsletterze.